Với những cống hiến to lớn cho sự nghiệp xây dựng và phát triển nền khoa học nông nghiệp, phát triển sản xuất nông nghiệp, GS Bùi Huy Đáp đã được Nhà nước tặng thưởng nhiều danh hiệu và phần thưởng cao quý:

• Chiến sĩ thi đua toàn quốc (1952)
• Hai Huân chương Lao động hạng Nhì (1955, 1962)
• Huân chương Kháng chiến hạng Nhất (1956)
• Huân chương Kháng chiến chống Mỹ, cứu nước hạng Nhất (1980)
• Huy chương Vì giai cấp nông dân tập thể (1991)
• Nhiều năm là Chiến sĩ thi đua của ngành nông nghiệp
• Giải thưởng Hồ Chí Minh (đợt năm 1996).